开放获取资源JoVE实验视频期刊网址:www.jove.com简介:JoVE (Journal of Visualized Experiments) 出版社是在生命医学科学领域出版实验视频最多的出版社。JoVE出版社于2006年创办JoVE实验视频期刊,致力于以视频方式展现生物学、医学、化学、物理学等学科领域的研究过程与成果。JoVE出版社集学术出版与视频制作为一体,由专业的全球摄影师团队负责JoVE实验视频的录制、内容编辑及后期处理,权威的编辑团队负责文章的编辑、评审与发表。JoVE实验视频期刊内容100%经同行评审,收录的视频及文章经过三重评审程序:编辑评审、动物保护顾问评审(动物实验)及同行评审。Therapeutic Target Database药物靶标数据库网址:简介:Therapeutic Target Database (以下简称TTD) 是全球第一个提供免费药物靶标信息的在线数据库,是药物靶标发现和新药开发领域具有国际影响力的数据平台。该数据平台的年访问量超过15万人次,总访问量达240余万人次,年平均被引次数超过200次。随着精准医疗的发展和AI技术的突破,TTD数据库的构建部分满足了相关AI研究的数据需求,为药物设计与新药发现提供了不可或缺的重要支持。目前,该数据库收录了3500余个药物靶点,近4万个药物分子。AlphaFold Protein Structure Database蛋白预测结构数据库网址:https://www.alphafold.ebi.ac.uk/简介: AlphaFold预测的蛋白结构数据库(AlphaFold Protein Structure Database)包含了AlphaFold人工智能系统预测的约35万个蛋白结构,覆盖包括人类以及20种生物学研究中常用模式生物。在人类蛋白质组方面,AI对98.5%的人类蛋白的结构做出了预测。此前,科学家们在数十年的努力之后,解析的蛋白结构只覆盖了人类蛋白序列中17%的氨基酸。这一数据库的发布也有望为生命科学带来革命性的变化。欧洲生物信息研究所主任Ewan Birney博士将它称之为人类基因组图谱发布以来最重要的数据库之一。CNIPA中国国家知识产权局专利检索及分析系统网址:-system.cnipa.gov.cn/sipopublicsearch/portal/uiIndex.shtml简介:中国国家知识产权局(National Intellectual Property Administration,PRC,简称CNIPA)专利检索及分析系统共收集了103个国家、地区和组织的专利数据,同时还收录了引文、同族、法律状态等数据信息。提供常规检索、高级检索、导航检索、药物检索、命令行检索、专利分析等功能。HuRI人类蛋白互作组数据库网址:-atlas.org/简介:2020年4月8日,顶尖学术期刊《自然》发表了一篇重要论文:一支大型跨国科研团队发表了人类迄今为止规模最大的蛋白互作组数据(The Human Reference Interactome and Literature Benchmark,HuRI),其规模是先前数据的4倍。这份蛋白互作组数据包含了约53000种不同的蛋白互作信息,涉及超过8000种蛋白质,无论是对理解基础的生物学进程,还是对理解疾病的发生,都有着极为重要的意义。OpenTrialsFDA-美国FDA药物信息开放平台网址:https://explorer.opentrials.net/简介: OpenTrialsFDA致力于使来自美国食品和药物管理局(The US Food and Drug Administration,FDA)的临床试验数据更容易获取和搜索。目前,该信息隐藏在Drugs@FDA发布的药品批准包(Drug Approval Packages)中,相关数据很难获取。OpenTrialsFDA从FDA文档中提取相关数据,将其链接到其他临床试验数据,并通过这个新的用户友好的网络界面呈现出来。任何用户都可以输入药物名称,并查看FDA文档中提到该药物的所有地方。这些信息也可通过OpenTrials API获得。CCLE癌症细胞系百科全书网址:https://portals.broadinstitute.org/ccle简介:为了深入并准确地刻画癌细胞系的遗传特征,来自美国Broad研究所、Dana-Farber癌症研究所和Novartis生物医学研究所的多个课题组于2012年合作完成了“癌细胞系百科全书”(Cancer Cell LineEncyclopedia, CCLE)计划,对覆盖三十多种组织来源的947种人类癌细胞系进行了大规模深度测序,整合了DNA突变、基因表达和染色体拷贝数等遗传信息。该数据库在向公众开放的七年时间里,已经成为癌症基因组学的标准参考数据库之一:原始论文迄今已被引用约3500次,而仅在2017年9月至今的19个月里就有来自全世界129个国家的88000名用户访问了该数据库。中科院期刊分区表公众查询微信小程序:简介:中国科学院文献情报中心期刊分区表数据是以科睿唯安公司发布的《期刊引证报告》(Journal Citation Report,简称 JCR)的期刊列表为测度对象,以JCR期刊影响因子与被引频次为基础,并进行过数据规范处理(仅对更名的期刊进行数据合并,为确保数据的权威性和准确性,以科睿唯安发布的期刊更名信息为依据),利用科学计量中心设计的期刊分区算法进行计算得到的数据成果。KEGG信号通路数据库网址:https://www.genome.jp/kegg/简介:KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库,旨在揭示生命现象的遗传与化学蓝图。KEGG是了解高级功能和生物系统(如细胞、 生物和生态系统),从分子水平信息,尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源,由日本京都大学生物信息学中心的Kanehisa实验室于1995年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一,以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。CST信号通路资源网址:https://www.cellsignal.com/contents/science/cst-pathways/science-pathways英文页面https://www.cst-c.com.cn/contents/science/cst-pathways/science-pathways中文页面简介:由Cell Signaling Technology公司创建,通路齐全且美观。在这些资源页面上,您可以找到按主题整理的交互性信号转导通路示意图、研究概览、相关抗体产品、出版物以及其他研究资源。与这些话题相关的相互作用通路图均已由 CST 科学家和外部专家进行整理,以提供特定信号转导通路的最新简明概述。每张相互作用通路图中的蛋白节点均与特定抗体产品信息或 PhosphoSitePlus® 翻译后修饰数据库中的蛋白特异性列表(视情况)相关。DrugBank数据库网址:https://go.drugbank.com/简介:DrugBank数据库是阿尔伯塔大学提供的一个生物信息学和化学信息学数据库,是一种独特的生物信息学和化学信息学资源,它将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来。TCGA癌症基因组图谱网址:The Cancer Genome Atlas癌症基因组图谱主页https://cancergenome.nih.gov/International Cancer Genome Consortium主页TCGA数据下载页面https://portal.gdc.cancer.gov/Pan-Cancer Atlas泛癌症图谱页面https://www.cell.com/pb-assets/consortium/pancanceratlas/pancani3/index.html简介:TCGA是国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)研究计划最大的组成部分,主要是得到一个全面的、多维的,针对多种癌症基因组的图谱。目前完成了33种不同癌症类型的数据,总数据量达到2.5PB。该项目涉及的领域不仅包括基因组测序,还包括转录组、甲基化等表观组学测序以及最终的整合分析,并将它们与临床和影像数据相关联。Nature Index自然指数网址:https://www.natureindex.com/简介:自然指数(Nature Index)是依托于全球顶级期刊(2014年11月开始选定68种,2018年6月改为82种),统计各高校、科研院所(国家)在国际上最具影响力的研究型学术期刊上发表论文数量的数据库。运用这个数据库,可以根据各机构的论文发表数量及类别来进行排名和期刊索引,这一数据库的实时在线版免费为公众开放。PDB蛋白质结构数据库网址:简介:PDB蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称PDB)是美国Brookhaven国家实验室于1971年创建的,由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称RCSB)维护。和核酸序列数据库一样,可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。UniProt蛋白质序列数据库网址:简介:Unified Protein Database(简称UniProt)是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库,整合Swiss-Prot、TrEMBL和PIR三大数据库的数据而成。ClinicalTrials.gov临床试验资料库网址:https://clinicaltrials.gov/简介:ClinicalTrials.gov是由美国卫生研究所(NIH)下属美国国立医学图书馆(NLM)与美国食品药品监督管理局(FDA)运行的临床试验资料库。目前是全球最大临床试验注册库,收录了全球由国家拨款或私募经费资助的各项试验目录。